La città è situata alla foce del fiume Sarno, pochi chilometri a sud del Vesuvio, tra Ercolano e Stabia; la sua storia inizia verso la fine del II millennio a.C., quando le popolazioni italiche della Campania centro-meridionale (gli Opici) occuparono l'estremità di un'antichissima colata lavica che, dalle pendici meridionali del Vesuvio, si protendeva verso il mare. Questo pianoro dalle pareti scoscese, circondato su due lati dal fiume Sarno e situato vicino alla costa, si presentava ai suoi primi abitanti come un luogo ottimale per l'insediamento: poteva essere facilmente difeso, l'acqua non mancava e l'attività preistorica del vulcano aveva reso fertili le terre circostanti. Inoltre, dal pianoro di Pompei, si dominava quasi tutta la costa del Golfo di Napoli e si poteva controllare la foce del fiume, punto di arrivo al mare delle vie e dei traffici provenienti dall’interno. Di questo primo abitato non si sa quasi nulla, poiché gli strati più antichi, sotto le case della città romana, non sono stati quasi mai raggiunti dalle ricerche archeologiche. Tutto quello che rimane è un nucleo di frammenti di coccio trovati in vari punti della città.
Nel VI secolo a.C. avvenne la prima grande trasformazione dell'antico abitato; l’incontro e la fusione con i Sanniti, diede origine al ceppo degli osci o oschi. Tutto il pianoro venne cintato da un muro di fortificazione e furono costruiti per la prima volta i templi più antichi della città: il tempio di Apollo e il tempio dorico. Nonostante sia stata accertata già in quest’epoca la presenza di imponenti edifici pubblici, ampie porzioni dello spazio racchiuso dalle mura non furono edificate e probabilmente utilizzate per l'agricoltura o per l'allevamento. L'approdo presso la foce del fiume aveva intanto favorito la nascita di un mercato, dove si concentrarono le attività commerciali tra le genti italiche e le popolazioni greche ed etrusche della regione. Alla fine del V secolo a.C. Cuma e Capua, le due capitali della Campania, furono conquistate dai Sanniti, un popolo italico proveniente dalle zone interne dell'Appennino abruzzese e molisano, attirato dalle fertili terre vicine alla costa. L'ondata degli invasori investì probabilmente anche il piccolo centro di Pompei ma la struttura dell'abitato restò sostanzialmente immutata.
Pompei si abbellisce con edifici, sia pubblici sia privati, simili a quelli che si trovavano nelle città latine e a Roma stessa. Nell'80 a.C. il dittatore romano Silla conquista militarmente Pompei dopo un lungo assedio e vi fonda una colonia all’inizio dell’era cristiana. Da questo momento in poi i magistrati sannitici (meddices) vengono soppressi e la città è retta da un senato di circa 100 membri (ordo) da due magistrati addetti alla manutenzione dei monumenti e delle strade della città (edili) e da due sommi magistrati a cui era affidato il potere esecutivo (duoviri).

La città, cinta da mura entro cui si aprono numerose porte, ha una forma irregolare, che a sud e a ovest coincide con i lati del terrazzo sul quale è costruita. L'impianto urbanistico rispecchia lo sviluppo dell'insediamento: a sud-ovest, attorno al foro e agli edifici religiosi e civili che vi si affacciano (tempio di Giove, basilica, edificio di Eumachia), si estende il quartiere più antico, con un impianto non molto regolare e strade non rettilinee. Esso comprende i templi di Venere e di Apollo e l'area del foro triangolare, accanto a cui si dispongono la palestra sannitica, il tempio di Iside, il teatro, l'odeon. Il resto della città presenta una pianificazione per quartieri unitari, con isolati rettangolari separati da strade rettilinee; una città con osterie (termopoli), botteghe di fornai, orefici, fabbri ferrai, lupanarie, ecc.. La parte sudorientale è meno intensamente popolata, con orti e giardini e gli spazi per vasti complessi come la palestra grande e l'anfiteatro. Altri edifici pubblici sono le terme Stabiane, più antiche (II secolo a.C.) e le terme del foro (I secolo a.C.).
Alcune abitazioni risultano particolarmente estese e lussuose, come le case del Fauno, del Labirinto, della Venere in Conchiglia, del Menandro, dei Vettii, di Sallustio, della Fontana. Fuori dalle porte principali della città sono disposte le necropoli, come quella di Porta Nocera e quella della Porta Ercolano, lungo la via dei Sepolcri, sulla quale si affacciano anche le ville suburbane più sontuose, come quella di Diomede e quella dei Misteri, così chiamata dall'importante affresco di un ambiente che illustra una scena di iniziazione.
Nel 62 d.C., un disastroso terremoto si abbatte sulle città del Golfo di Napoli e danneggia gravemente anche Pompei. Nerone, allora imperatore, si impegna personalmente nella ricostruzione delle città colpite dal sisma. Si tratta però dell'inizio della fine. Alla prima grande scossa ne seguono altre di minore entità, ma con frequenza sempre più intensa. Molte case ed edifici pubblici sono ancora in riparazione la fatidica notte del 24 Agosto 79.
Dei tragici avvenimenti di quella notte ci è stato conservato il ricordo in una lettera scritta dallo scrittore romano Plinio il Giovane al suo amico, lo storico Tacito. Durante la notte, a causa delle mutate condizioni atmosferiche, la pioggia di lapilli incandescenti cominciò a colpire Pompei. Nonostante i tentativi di fuga e le operazioni di soccorso organizzate dalla flotta militare romana di stanza nel vicino porto di Miseno, gran parte degli abitanti persero la vita a causa dell'eruzione. La mattina dopo, Pompei, Ercolano e Stabia e gran parte del territorio, erano stati cancellati, sepolti da una spessa coltre di materiale vulcanico.
Per oltre 1500 anni Pompei restò sotto cumuli di cenere fino a quando, a partire dal 1748, il governo borbonico di Napoli intraprese una campagna sistematica di scavo. A tutt’oggi vi è ancora un’ampia porzione da recuperare.

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